X-Filesin jaksojen taso heitteli joka esityskaudella laidasta laitaan sen yhdeksänvuotisen elämän aikana. Kuitenkin kolmannella kaudella nähtiin selkeästi monipuolisin ja lähes kaikin tavoin laadukkain jaksokokoelma, jossa suurin osa sekä mytologiajaksoista että yksittäisistä tarinoista ovat erinomaisia.
Kausi lähtee käyntiin kolmiosaisen mytologiajakson kahdella viimeisellä osalla The Blessing Way ja Paper Clip, joiden aikana FBI-agentit Fox Mulder (David Duchovny) ja Dana Scully (Gillian Anderson) joutuvat useasti hengenvaaraan heidän yrittäessään pelastaa hallituksen käsistä digitaalinauhaa, joka voisi sisältää vastaukset kaikkiin heidän kohtaamiinsa mysteereihin. Tämä kyseinen mytologiakeitos on kenties koko sarjan legendaarisin. Muitakin mielenkiintoisia jatkokertomuksia löytyy: Nisei/731, jossa Mulder selvittää aitona pitämänsä avaruusolion ruumiinavausvideon taustaa, sekä Piper Maru/Apocrypha, jossa nähdään ensimmäisen kerran mystinen musta öljy.
3. kausi on myös X-Files -tasolla todellista yksittäisjaksojen juhlaa, ja jopa useat perustäyttötarinatkin ovat erittäin hyviä. D.P.O.:ssa nykyiset supertähdet Giovanni Ribisi ja Jack Black vetävät loistoroolit vetelehtivinä nuorina, joista toisella on varsin erikoiset voimat henkisesti. Mukana on myös lopputulokseen saakka otteessaan pitävä vankilajakso The List, Robert Modellin psykopaattihahmon esittelevä Pusher, perinteisen järvihirviötarun sisältävä Quagmire sekä muita henkilökohtaisia suosikkejani. Luvassa on lisäksi todellisia helmiä, koko sarjan muistettavimpia huumoripainotteisia jaksoja. Kuolemia ennustavasta miehestä kertova Clyde Bruckman’s Final Repose on yksi näistä, ja siitä voi kiittää vain ja ainoastaan pari vuotta sitten menehtynyttä Peter Boylea, joka osaa roolissaan olla yhtä aikaa hauska että traaginen. War of the Coprophagesissa myös nauretaan ja pohditaan siinä sivussa syvällisempiä, kun kokonainen kaupunki sekoaa torakkahyökkäyksien takia. Eikä voi unohtaa Jose Chung’s ’From Outer Spacea’, jossa Scully kertaa ufosieppaustarinan monisyisiä tapahtumia ja useat eri näkökulmat kohtaavat hykerryttävällä tavalla.
Mulderin ja Scullyn välinen suhde ja heidän luottamuksensa kasvaa yhä vahvemmaksi kolmannella kaudella, heidän kohdatessaan työssään tähän asti pahimmat haasteensa. Apulaisjohtaja Skinnerin (Mitch Pileggi) hahmo pääsee nyt paremmin kehittymään, ja katsojalle selviää myös, onko hän lopulta Mulderin ja Scullyn liittolainen vai vihollinen. Muutkin vahvat hahmot, mm. Alex Krycek (Nicholas Lea) ja Syöpämies (William B. Davis) tulevat yhä tiiviimmin mukaan juoneen ja tuovat tapahtumiin aikaisempaa enemmän ulottuvuuksia. Kaudella nähdään myös sarjan pääjuonen syventyessä loistavia dramaattisia yhteenottoja useiden hahmokavalkadin jäsenten välillä riippumatta siitä, ovatko he sitten ”hyvisten” tai ”pahisten” puolella.
Viimeistään tällä esityskaudella X-Files takasi aikanaan supersuosionsa jatkumisen. Vaikka X-Filesilla on jokaisella kaudella ollut tarjota jotakin erikoista ja positiivisella tavalla poikkeavaa, ylivoimaisesti paras kokonaisuus saavutettiin kolmannella. Koko 3. kausi kuuluu ehdottomasti 1990-luvulla Suomessa esitetyn ulkomaisen TV-tuotannon parhaimmistoon.
