Ninjakilpikonnien sankarilliset taistelut Kraangeja vastaan jatkuvat. Tällä kertaa he saavat uuden liittolaisen ja uusia, sekä vanhoja vastuksia. Valitettavasti näistä aineksista ei tullut aivan toivottua lopputulosta.
Siinä missä ensimmäinen tuotantokausi keskittyi kertomaan yhden kokonaisen tarinan, on toinen tuotantokausi lähestynyt toisenlaiselta kantilta. Kauden pääteemana pyritään huomioimaan Silppurin ja Kraangien yhteistyö, jolla molemmat saavat haluamansa. Kuitenkin kyseinen tarina jää käytännössä taustalle. Sitä vastoin kausi tarjoaa enemmän sivujuonia ja paljon täytejaksoja. Näitä jaksoja tähdittää useimmiten Casey Jones tai Tiger Claw. Myös ensimmäisellä kaudella ilmi käynyt perhesuhde Tikun ja Karain välillä saa pienen tarinan tyngän. Täytejaksot tavalla tai toisella vievät sarjaa hämmentävään suuntaan, sillä lähestulkoon kaikki sivuhahmot muuttuvat mutageenin myötä hirviöiksi, joita ei välttämättä olisi tarvinnut nähdä. Erityisesti Aprilin isä jostain syystä tuntuu kompuroivan tämän ongelman uhriksi. Kausi sisältääkin ison annoksen scifiä, mutta ei välttämättä sieltä parhaimmasta päästä.
Tarinoiden heikkenemisestä huolimatta sarjan hyväksi puoleksi voidaan lukea valovoimaisimmaksi roistoksi nouseva Tiger Claw. Vaikka hahmo esiintyy Silppurin kanssa käsikädessä ne muutamat jaksot, esittää hän huomattavasti uhkaavampaa roolia, kuin Silppuri. Hahmo ei kuitenkaan tuo samanlaista uhkakuvaa, mutta omalla tyylillään on jopa vaarallisempi. Muut tutut roistot tekevät tutut roolinsa Silppurin kätyrinä, mutta eivät saa samanlaista roolia, kuten ensimmäisellä kaudella. Edes Baxter Stockman ei ihmeitä tarjoa ensimmäisen kauden tapaan. Kilpikonnien liittolaiseksi on asetettu Casey Jones, joka palvelee sarjan aikana kahdenlaista roolia. Hän on Raphin ystävä ja Donin kilpailija. Raphin tapaan uhkarohkea jääkiekkoilija on melkoinen rämäpää, joka samalla aiheuttaa ”kolmiodraaman”, kun hän ja Donatello vuorotellen yrittävät voittaa Aprilin huomion.
Sarjan ohjaajista ja käsikirjoittajista ei nouse montaa nimeä esille. Erityisesti ohjaajista erottuu selkeästi kuka painottaa toimintaan ja kuka draamaan. Michael Chang ja Alan Wan ovat näistä selkeästi osanneet ohjata toimintaosuudet parhaiten. Ne eivät ole mitenkään epäselviä ja niissä riittää potkua ja tyylikkyyttä. Harmi vain, että käsikirjoitus ei ole niin mielenkiintoinen, että itse jakso olisi kokonaisuudessaan viihdyttävä. Myös Sebastian Evans ensimmäisen kauden tapaan, ei pääse aina oikeuksiinsa sävellystensä suhteen. Ne pitäisi julkaista erikseen yhdeksi soundtrackiksi, jotta kuulisi hänen mestariteoksensa.
Kokonaisuudessa kausi jäi hieman alle potentiaalistaan. Tarinat olivat pitkälti irtonaisia, eivätkä aina liittyneet mitenkään toisiinsa. Tämä voi tietenkin olla hyvä niille, jotka eivät niinkään seuraa kokonaisuutta. Uudet hahmot tuovat lisäväriä sarjaan, mutta yhtenäisemmän tarinan kautta niistä olisi saanut enemmänkin irti. Toimintapuoli oli vakuuttava tietyissä jaksoissa ja se on aina plussaa toimintasarjassa.